Conde Dookan fez uma aliança com a União Tecnológica, Federação do Comércio e o Clã Bancário, assim formando a Confederação dos Sistemas Independentes (CSI). Enquanto isso, tropas clones estavam sendo produzidas pelos clonadores de Kamino com o DNA do caçador de recompensas Jango Fett, aliado de Dookan. Tudo isso influenciou na primeira batalha das Guerras Clônicas, a batalha de Geonosis.

O caçador de recompensas Jango Fett estava envolvido em um complô para matar a senadora Padmé Amidala de Naboo. O cavaleiro Jedi Obi-Wan Kenobi que estava investigando a fundo sobre a tentativa de assassinato, foi levado até o planeta Kamino e descobre que os Kaminoanos estão criando tropas clones para a República, com isso, Obi-Wan Kenobi reporta isso para o Conselho Jedi, que também não sabiam sobre a criação dos Clones. Obi-Wan Kenobi acaba descobrindo que o modelo para a criação dos clones é Jango Fett, o caçador de recompensas que tentou assassinar a senadora Padmé Amidala, com isso, é iniciada uma perseguição que leva Kenobi até o planeta Geonosis. Kenobi, explorando partes industriais do planeta, acaba descobrindo que a recém-formada CSI está criando um exército massivo de Dróides de Batalha e tenta reportar isso a Anakin Skywalker (que estava em Tatooine com Padmé). Kenobi pede para Anakin mandar a mensagem para a República, mas, quando ele termina de enviar a mensagem para Anakin, ele é capturado.

Anakin e Padmé resolvem ir até Geonosis, onde são atacados por nativos e, depois de uma intensa batalha entre Anakin e Padmé contra os Geonosianos na Fábrica, eles são capturados e são levados até a Arena Petranaki, onde seriam executados por 3 criaturas (Reek, Acklay e Nexu), Obi-Wan já estava lá. No momento em que eles conseguem se libertar das algemas, um grupo de Jedi, liderado por Mace Windu, aparece para salvá-los.

Acontece uma intensa batalha entre os Jedi e os soldados Geonosianos, com ajuda dos novos Dróides de batalha, até que os Jedi perdem e são encurralados. Então, aparecem naves LAAT de Batalha, com tropas clones lideradas pelo Mestre Jedi Yoda.

Começa a verdadeira batalha, milhares de Tropas clones e veículos contra dróides. Os veículos dos clones tentam impedir a saída das naves da CSI, enquanto os dróides tentam erradicar todas as forças Republicanas no planeta, a República toma a vantagem, todas as naves da CSI batem em retirada, mas enquanto isso, o Líder Geonosiano Poggle, entrega os planos de uma super-arma para Dookan, os planos da Estrela da morte.

Dookan tenta fugir, mas quando chega no hangar da nave, ele é surpreendido por Anakin Skywalker e Obi-Wan Kenobi e então, é iniciado um duelo de sabre de Luz. Obi-Wan acaba sendo ferido na perna e Anakin perde o braço. No momento que Dookan vence os dois, mestre Yoda aparece para confrontar Dookan, outro duelo de sabre de luz é iniciado, com incríveis demonstrações da força, até que Dookan consegue usar a força para distrair Yoda e acaba fugindo.

A batalha de Geonosis acaba, mas o Lado Sombrio cai sobre a República. Está  iniciada as Guerras Clônicas.